Dinas Perhubungan Kabupaten Magetan dalam melaksanakan tugas pokok dan fungsinya, terdiri atas :
1. Sekretariat
2. Bidang Ketertiban Lalulintas
3. Bidang Sarana dan Prasarana Transportasi
4. Bidang Angkutan dan Keselamatan Transportasi
5. Pelayanan Terminal
6. Pelayanan Parkir
7. Pelayanan PKB